2019年底新冠肺炎疫情在全球爆发，我国医疗卫生系统经受住了层层考验，传染病医疗机构在发挥主力军作用的同时，也暴露了我国传染病救治体系在突发重大公共卫生事件中存在的弱项和短板，应全面加强建设。
发展现状
一、长期投入不足，基础设施薄弱
大部分地市级传染病医疗机构建院年代久远，从未进行过装修改造，普遍存在房屋陈旧、医疗用房紧缺、医疗设备滞后、床位配置不合理等问题，整体环境落后于其他同级医疗机构。
二、综合救治能力不足，技术水平落后
我国大多数的传染病医疗机构学科单一，诊疗手段主要集中在传染病的治疗上，其他学科建设投入不足导致医疗技术水平整体落后，不能独立开展综合医疗救治，无法满足重大传染病救治的标准和要求。
叁、人才流失严重，专科医疗机构入不敷出
薪酬待遇低和传染病职业暴露是导致传染病医疗机构技术骨干流失的重要因素，多数人更愿意选择其他医学专业。长此以往,传染病医疗机构在严重缺乏学科带头人的情况下，开展新技术和新项目方面进展缓慢，医疗技术无法满足百姓多样化的健康需求，传染病患者也很少到传染病医疗机构首诊，而是选择其他综合医院就诊。病源减少导致大部分传染病医疗机构长期亏损，入不敷出。
四、顶层设计尚需完善，国家政策难以在地方落地
国家政策和政府监督机制亟待完善，大部分地级市没有完全落实国家政策要求，导致传染病医疗机构存在人员配置不合理、绩效分配政策和经费匹配不到位等问题。传染病医疗机构承担了许多突发性疫情的公共卫生救治工作，但国家尚未建立合理的经济补偿机制。
全国政协委员胡万宁建议：
一、建立责权明晰的顶层机制。1.国家有针对性地推进传染病防治法、突发公共卫生事件应对法等法律的修改和制定工作，健全权责明确、程序规范、执行有力的疫情防控执法机制，进一步从法律上完善重大新发突发传染病防控措施。2.各级政府加强监管，推进国家各项政策在地市级传染病医疗机构实质落地。破解公共卫生体系建设发展不平衡等问题，规范传染病医疗机构人员配置。有效落实绩效分配政策和各项配套经费，建立合理的重大疫情救治经济补偿机制，医保政策适度倾斜，将传染病医疗机构直接纳入财政全额拨款事业单位。3.完善传染病医疗机构专业人员激励机制，将收支结余的50%用于发展，50%用于改善职工待遇。坚持按劳分配，实行多劳多得分配原则。
二、加快基础设施建设。完善传染病防治设施建设标准，提升应急医疗救治储备能力。加快各地市传染病医疗机构的迁建或改造计划，建设具有适度规模、设备精良和技术过硬的传染病医疗机构，打造成为“平战一体”的独立公共卫生医学中心和基层单位人员的培训基地，在提供日常基本传染病医疗服务的前提下，又能迅速转变达到应对突发性公共卫生事件要求。
叁、提升综合救治能力。传染病医疗机构的发展必须保持专科特色走综合发展之路，以学科建设带动科研、教学、人才培养、医疗救治、技术推广等综合水平的提高，建立传染病优势学科群，建立健全复杂病例多学科诊疗模式。出台政策鼓励加强关键核心技术攻关，面向重大传染病防治等重点领域、薄弱方面、空白区域和新兴学科，规划新建一批重点实验室，全面提高传染病诊疗能力，从而提升综合救治能力。
四、加强人才梯队建设。加快研究、建立适应中国特色的传染病学医师培养模式，健全传染病学医师培养体系，不断提高传染病学人才培养质量。财政部门进一步加大对传染病医学教育的投入力度，研究将传染病防治人才培养纳入卫生健康人才培养项目，推进传染病防治人才培养体系建设。全面落实《深化公立医院薪酬制度改革的指导意见》，加快制定、实施相关政策，提高从事传染病救治工作人员的薪资待遇，加强医护人员职业防护，降低职业暴露风险，吸引更多高水平医务人员从事传染病救治工作。